在中国，食用畜禽肉、禽蛋类较多，多年来一直以沙门氏菌食物中毒居首位。鱼、虾蟹、贝类和海藻等所造成的中毒多是副溶血性弧菌食物中毒。
常见的有以下几类污染：
1.细菌性污染
常见的有沙门菌、变形杆菌、肉毒杆菌、.金黄色葡萄球菌等，主要污染食品为变质的肉、蛋、奶、豆制品、发馊的饭菜或冷饮；而肉毒杆菌污染的是火腿、腊肉、罐头、臭豆腐等。
2.霉菌性污染
常见的有黄曲霉毒素等，污染的食品主要为霉变的米、麦、花生、玉米等。
3.寄生虫性污染
常见的有绦虫污染的猪肉、牛肉，姜片虫和肺吸虫的卵,囊蚴污染的荸荠、蟹、虾等。
4.病毒性污染
常见的有甲型肝炎病毒污染的毛蚶。
5.农药残留
包括谷物、蔬菜、水果、蛋、奶、肉等食品中残留的有机磷农药、有机氯农药、有机汞农药等。
6.亚硝胺类化合物污染腌溃食物如腊肠、火腿、腌菜等。
因此，在自制发酵食品时要保持卫生，防止霉变，以杜绝食物中毒。因为这些生物性污染往往会导致食品变质。
用一般的烹调方法加热处理不能破坏食品中的真菌毒素.因此，在购买肉类时要仔细查看该肉是否已经过卫生检疫，有相应图章，而且售卖点也最好是经过卫生认证的。同时，病禽、病畜甚至死禽、死畜、死鱼都不能购买。
不要随便购买熟食，进餐时要选择卫生条件好的饭馆，特别是不要在卫生条件不佳的饮食场所进食。此外，冷藏食品应保质、保鲜，动物食品食前应彻底加热煮透。加工肉制品和海鲜时也应生熟分开，避免交叉感染。
食用腌腊罐头食品时，最好在食前煮沸6分钟-10分钟。
注意食品的保质期，尽量不吃超过保质期的食品。